Le projet FARMHAND (Farm-originated Antimicrobial Resistance Modeling: exploring Humans-to-ANimal Dissemination) vise à mieux comprendre les dynamiques de transmission du Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) entre élevages porcins, professionnels exposés et chaîne alimentaire, dans une approche One Health. Le projet combine épidémiologie, microbiologie, génomique et modélisation mathématique.
Contexte
La résistance aux antimicrobiens constitue un défi majeur de santé publique. Parmi les agents particulièrement surveillés figure le SARM, dont la prévalence a fortement augmenté dans les élevages porcins français ces dernières années. Le projet FARMHAND s’inscrit dans ce contexte, avec l’objectif de mieux comprendre la circulation du SARM entre populations animales et humaines, ainsi que les implications potentielles pour la santé publique.
Le projet repose sur une perspective One Health, considérant simultanément les populations animales, les professionnels en contact avec elles, et les risques plus larges de diffusion vers la population générale ou via la chaîne alimentaire. Cette articulation entre plusieurs niveaux de transmission constitue l’un des fondements scientifiques du projet.
Objectifs du projet
Objectif principal
Comprendre les dynamiques de transmission du SARM entre animaux et humains, du niveau des élevages jusqu’à la population générale, afin de mieux orienter les stratégies de surveillance et de contrôle et de réduire les risques pour la santé publique, notamment face à l’émergence de souches plus virulentes.
Objectifs secondaires
Le projet vise à :
- Décrire la circulation du SARM au sein des élevages et entre élevages, en lien avec les mouvements animaux et les pratiques d’élevage
- Analyser les transmissions entre animaux et humains, en particulier chez les professionnels en contact avec les porcs
- Caractériser les dynamiques de portage (SARM et SASM) chez les animaux et les humains
- Estimer les paramètres clés de transmission : prévalence, acquisition, durée de portage
- Identifier les facteurs de risque liés aux individus, aux pratiques professionnelles et aux caractéristiques des exploitations
- Modéliser la diffusion du SARM à différentes échelles, du niveau local à la population générale
- Évaluer des stratégies de surveillance et de contrôle, en élevage et au-delà
- Quantifier les risques liés à la chaîne alimentaire, de la production à la consommation
Objectifs tertiaires
Le projet explorera également :
- Les liens génétiques entre souches animales, humaines et environnementales
- Le développement de modèles intégrés “de la ferme à l’assiette”
- L’évaluation de scénarios d’intervention innovants pour limiter la diffusion du SARM
Approche générale
Le projet repose sur une approche intégrée combinant données de terrain, analyses microbiologiques et modélisation mathématique multi-échelle, afin de décrire la transmission du SARM entre animaux, humains et environnement.
Une étude longitudinale multicentrique suivra des éleveurs et leurs exploitations sur une période prolongée, avec :
- des auto-prélèvements nasaux mensuels
- des prélèvements environnementaux
- des questionnaires d’inclusion et de suivi
Ces données permettront de caractériser les dynamiques de portage, d’estimer les paramètres de transmission et d’identifier les facteurs de risque.
En parallèle, plusieurs modèles mathématiques complémentaires seront développés et combinés afin de représenter :
- la circulation entre élevages à partir des réseaux de mouvements animaux
- la transmission entre animaux et humains, incluant les professionnels exposés et la population générale
- les risques associés à la chaîne alimentaire, de la production à la consommation
- l’impact de stratégies de surveillance et de contrôle
L’ensemble sera intégré dans une approche “de la ferme à l’assiette”, permettant d’identifier les principaux leviers d’action pour réduire la diffusion du SARM.
Organisation du projet
Le projet FARMHAND est structuré en cinq work packages (WP), chacun regroupant des approches spécifiques, à la fois logistiques et analytiques. Leur organisation dans le temps est conçue de manière à assurer une coordination optimale entre les différentes étapes du projet et à respecter les dépendances nécessaires à la mise en œuvre progressive de chaque composante.